Подскажите Смотрят ли Японцы в посольстве на национальность подающих? Я Армянин, могут ли быть проблемы с подачей документов или одобрением визы?

нет. они смотрят на основание вашего прибывание в стране подачи.

если у вас внж то вы можете спокойно подавать в РФ

Вы когда анкеты в гостиницах заполнять будете, в графе национальность пишите Russian, чтобы японцы не троили. А в остальном разницы нет.