Подскажите пожалуйста, если в маршрутном листе для подачи на визу во Францию указано пересечение границы через одну страну, а по факту влетим через другую, это будет являться нарушением?

Никто Ваш маршрутный лист на границе не видит, если Вы путешествуете в рамках Вашей визы и паспорта, эту информацию вряд ли кто-то будет проверять. Если Вы только открываете визу например Франции, хотя бы один штамп Франции желателен для получения следующих виз, ну и на границе если возникнут вопросы, Вы должны доказать бронями отелей в том числе, что большую часть дней Вы проведёте во Франции.