Чтобы получить ИИН для гражданина РФ обязательно въехать в Казахстан именно по загранпаспорту?

В загранник ставится штамп о пересечении границы, что важно для официальных органов. Поэтому да. Хотя границу РК можно и по внутреннему пересекать.

Плюс банки для открытия счета требуют загранпаспорт со штампом, с ру паспортом вы не сможете открыть карты

Я рекомендую пересечение к границы с любой страной осуществлять по загранику. По внутреннему можно.