Кто-нибудь сталкивался с тем, что в Санкт-Петербурге не апостилируют документы, выданные в Московской области. Как, кроме наториальной копии или повторного получения документа в Питере можно разрешить ситуацию?

Какие документы?

Если свидетельства и справки, то естественно апостиль ставится в месте получения.

Если не удобно ехать туда, то получаете повторные в своём городе и их апостилируете

И не надо никак, кроме повторного получения документа и его апостилирования. Это везде так работает.

И заодно расширенную справку из актовой записи со всеми доп. сведениями сразу имеет смысл заказать к такому свидетельству.