Подскажите пожалуйста - надо ли заранее в Узбекистане покупать билеты на автобус Ташкент-Самарканд? часто ли рейсы в этом направлении?

Лучше всего ехать на поезде, на автобус берите заранее билеты, но уехать всегда можно, в любом случае там рядом с автовокзалом стоит толпа местных водителей, готовых Вас отвезти)

Лучше да.