FlyOne подвел конкретно, с Кипра в Москву была запланирована пересадка в Ереване 2 часа, получила уведомление об изменении расписания - теперь прилетаю в Ереван ночью и сижу там 9 часов подскажите, если рейс транзитный, багаж нам выдавать не будут?

Не должны. Багаж выдадут в пункте назначения. Я, в похожей ситуации, прямо из аэропорта бронировал в букинге самую дешманскую гостиницу, менял 5000рублей на местные деньги и их хватило на Яндекс такси, принять в гостинице душ, поужинать в ресторане и даже поспать пару часов.

Вы можете на регистрации в Ларнаке попросить зарегистрировать багаж только до Еревана. В Ереване выйти в город, забрать багаж, заселиться, потом перед рейсом сдать обратно. Это если в багаже что-то нужное для отдыха. Так то проще в отдельную сумку положить