Как проехать если есть эстонский паспорт и российсский в эстонию и в россию?

В Эстонии показываете Эстонский, в России показываете Российский, ни каких проблем. И там и там могут попросить ваш второй документ, это не страшно, покажите по необходимости.

На российской границе предъявляете российский паспорт, на эстонской эстонский

Пешком пройти или на машине/автобусе.