Лечу из Денпасара Малазийскими авиалиниями до Куалу-Лумпура, далее Эмирейтс до Дубая-а там до Москвы. Нужно ли в КЛ забирать багаж?

Только при посадке скажут до куда летит ваш багаж.

Но в цивилизации обычно летит до конечной.

Зависит от того, покупали единый билет или двумя разными