Лечу в Германию с пересадкой в Анкаре с компанией Ajet. Компания не меняется при пересадке.

Аэропорт Анкары достаточно понятный, не большой. Но. Важно, чтобы ваш самолёт вовремя взлетел/приземлился, и, если вам снова нужно будет регистрировать багаж, чтобы он вовремя добрался до ленты. Регистрация на вылет в Германию за сколько заканчивается?

Если у вас один билет на оба рейса, тогда скорее всего багаж не нужно забирать и заново регистрироваться, но лучше это уточните у перевозчика. Пегасус например так делает, а у wizzair обратная ситуация