Подскажите пожалуйста, кто знает, как обстоят дела в прилетом из стран Европы в Таллин и потом переезд в Санкт-Петербург с Шенгенской визой в загран паспорте РФ? Пускают или могут визу аннулировать?

Если у вас биометрический паспорт, то проблем не возникнет

Визу аннулировать не могут, нет оснований. Но вам необходимо связаться с перевозчиком и узнать, посадят ли вас на рейс. У нас в чате разночтения в трактовке пересечения границ внешних и внутренних. Прецедентов пока не было, так что однозначно ответить не можем. Моё мнение : всё зависит от политики авиакомпании. Если посадят на рейс, то проблем на границе при выезде не будет. Но въехать обратно в ЕС через эстонскую границу с небиометрическим паспортом у вас не получится.