Подскажите, пожалуйста, все ли верно с таким маршрутом? Прилетаем в Шеньжень оттуда транзитом сразу едем в Гонконг, а обратно въезжаем по однократной китайской визе. Потом из Пекина в Москву. Визу не отметят по прилету?

Нужно обязательно их предупредить, что бы не использовали визу, что вам нужен именно безвизовый транзит. Иначе запросто могут её погасить

На паспортном контроле передайте кроме паспорта билеты в ГК и скажите транзит. Тогда не погасят.