Подскажите пожалуйста, если я прилетаю Москва - Гуанчжоу, а дальше хочу на поезде в Гонконг, то он наземным транспортом считается для транзитной визы?

Да, ваш вариант подходит для безвизового транзита.

У меня представители Аэрофлота при вылете из Москвы потребовали, чтобы билет в ГК был именно из Гуанчжоу, т.е. из точки прибытия в Китай.

А так, в общем, для китайцев ваш вариант приемлем.