Подскажите, в апреле летали в Китай транзитом через Астану. В июне собираемся у гости к родственникам в ВКО, пропустят ли нас на границе?

Можно быть 90 дней подряд за последние 180 дней.

Не так конечно. В течение 90 дней в рамках 180 Вы можете хоть каждый день въезжать-выезжать из РК.