1 раз в Египте, если захочется индивидуальный трансфер, то нужно своего туроператора уведомлять? На индрайве можно же уехать?

Обязательно надо сказать. А то вас будут искать

Лучше уведомить, чтоб вас не искали и другие не ждали

Можно уведомить не туроператора (не факт, что он свяжется с встречающей стороной), а подойти непосредственно к встречающей стороне в аэропорту и сказать им, чтобы вас не ждал автобус.