Нужна ли справка, на российской границе при поездке в Латвию, о наличии второго паспорта ? Есть РФ и ЕС.

Какая справка? Вы пересекаете с двумя паспортами

Если ранее в установленном порядке в течении 60 дней заявили о приобретении гражданства Эстонии при первом РФ, то у пограничников РФ это уже зафиксировано. Если нет, то могут пожурить и попросят сделать это или через госуслуги или лично через МФЦ или ГУВМ МВД при следующем въезде в РФ.