Подаюсь на визу в Японию. Если приезд и вылет из Токио через Пекин, то в программе пишем аэропорт только Пекина? Так как вылет и прилет в Москву в другую дату.

Их это информация не интересует, начинаете с Arrival в аэропорт (какой у вас аэропорт в Токио, таким-то рейсом, а в последний день Departure из аэропорта этого таким-то рейсом. Им не важно куда и откуда, главное, чтобы улетели