Скажите, успею ли я на электричку Кибартай-Каунас на 10 часов утра, если приеду на поезде в Чернышевское в 8:37 . И не понятно, почему в приложении РЖД пишут, что в Литве будет меньше на 1 час.

Шанс у Вас есть, если выйдете первой из вокзала в Чернышесвском, если на РФ/ЛТ таможнях не будет стоять очередь, если Вас не оправят на дополнительный осмотр и проверку ручной клади и багажа, пересчёта ввозимой наличности, ну, много если. Позитив в том, что есть примеры, кто проходил бысто и успевал на этот рельсовый дизель автобус -моториссу (что все электричкой называют) в Каунас.

Разница между Калининградом и Литвой в 1 час. В Калининграде сейчас 11.30, в Вильнюсе 12.30 (почти)