С электронной визой РФ пропустят ли гражданина Германии через Каменный Лог и далее в РФ?

Да, пропустят. В новом Соглашении сказано, что оно действует и на электронные визы. Если иностранец въезжает в Беларусь по безвизовому режиму, а в России ему нужна виза, то въезд в Россию не разрешен.