Ситуация: отец летит в Кыргызстан, билет в Кыргызстан у него оформлен на внутренний российский паспорт, а билет назад в Россию - на загранпаспорт (

Пограничникам 1 пасспорт показывать. Перевозчику все равно

Перевозчику необходимо предъявлять именно тот документ, на который оформлялся конкретный авиабилет.

Погранцам в КР желательно (хотя необязательно) предъявлять именно загранпаспорт (они вас сами об этом попросят), поскольку по внутреннему российскому им придется в систему все в ручном режиме вбивать, а это долго и хлопотно.