Всем доброй ночи,такой вопрос нахожусь в Москве по молдавскому паспорту 3 месяца ещё не прошло могу ли летать в России? Или не стоит?

Если нет никаких оснований для нахождения в РФ больше 90 дней, вы можете там гулять где хотите, пока срок не вышел. Так же учтите, что по недавнему закону находиться вы можете не 90 дней из полугода, а 90 дней в год.