Подскажите пожалуйста, можно ли иметь счет юр. лица, по которому выдан боровак в одном банке, а счет физлица в другом? Не ведет ли это к каким-то неочевидным проблемам?

Можно, аналогично как и можно несколько юр.счетов иметь. Или несколько физ счетов и только на один платить зп. Единственное из не очевидного, если на физ.счет будет платиться зп, то банк может попросить доп.бумажку заполнить с печатью компании. Ну и если платить зп из одного банка в другой,то зарплата придет не мгновенно, а с задержкой в пару часов.

Я так делаю, полгода полет нормальный.

Добавлю, что комиссию за перевод берут