Подскажите, в Молдове у меня есть только разрешение на получение гражданства мд и перерегистрация брака. Будет ли это основанием для пропуска мужа?

Муж для этих действий не обязателен.

Но если уж с ним полетите - то вероятней всего его пропустят, но могут и развернуть.

Вас пропустят точно если на руках конфирмаре