Хочу получить шенгенскую визу Испании, чтобы приехать в Португалию ( сначала прилететь в Испанию, потом основной срок в Португалии и обратно).

Никто за вами по шенгену бегать не будет. Докладывать куда-то, где вы находились, тоже никуда не требуют.

Но подавать такой реальный маршрут на визу-это вам к португальцам. Если не будете упоминать, как и написали, то да.. к испанцам. И штампики о вьезде будут «испанские»

Для подачи в консульство Испании, необходимо чтобы и срок пребывания у вас был больше в Испании.