Билеты из РФ куплены по заграну,т.е выезжать буду по нему в Армению. Могу ли я на границе в Армении показать внутренний паспорт РФ(по нему же обратно и выехать), а въехать обратно по заграну на тер России?

Погранцам не интересно на какой паспорт вы покупали билеты. Их интересует только действующие документы.

Билет может быть куплен на загранник например, а пограничникам можете предъявить паспорт РФ.

Да, вы можете сделать, как написали.