Из Черногории въехали на машине в Боснию и Герцеговину. На въезде в БиГ пограничники жене не поставили въездной штамп. Будут ли проблемы при выезде из БиГ? Нужно ли возвращаться за штампом?

если есть черногорский выездной на этой границе - должно хватить

Ну вообще да, нужен штамп. Если его все же забыли поставить, говорите, пусть смотрят камеры свои, что жена была. Это у них будут проблемы, если кто-то забыл проштамповать