Подскажите, есть ли какие то проблемы с обменом долларов на чешские кроны? На какую валюту лучше поменять в России рубли для поездки в Чехию? взять доллары или евро?

особых проблем нет. Взять лучше евры.

Лучше евро, т.к. в некоторых местах в Праге и КВ ими можно расплачиваться.

По евро в чешских обменниках чуть меньше спред, берите то, что вам удобнее и выгоднее, если есть доллары, берите их, если выбираете, что купить, смотрите, что дешевле обходится в пересчёте на рубль.