У кого-нибудь был следующий опыт покупки жилья на Кипре? Через агента на сайте - одна стоимость, а покупка у владельца недвижимости на прямую - другая. Сколько обычно разница в стоимости?

покупал по той же стоимости

Через агентство обычно дороже, чем напрямую, так как вы платите комиссию. Это в районе 5-10%.

Агент берет 4-5% (в зависимости от того - эксклюзивный договор или нет). Но тут все риски у продавца, вам-то все равно.