Что лучше, доехать самоходом до Нарвы, перейти границу и куда-нибудь сесть до Питера в Ивангороде? Или поехать на автобусе Таллинн-Петербург?

Самостоятельно будет быстрее и дешевле чем на автобусе

Что самостоятельно, что на автобусе очередь будет одна.

Если сами, то выйдя в Ивангороде вам надо будет найти на чем доехать.

Если на автобусе, то с автобусом все понятно, находите на стоянке в Ивангороде, дожидаетесь всех пассажиров и едете.