Слышала, что в шинкасене до Токио есть специальные места для багажа как в сапсане. А отдельно оплачиваются только оверсайз багаж. И вот едем на нем, вижу только верхние полки, подскажите есть все таки места для чемоданов или нет )

Всё, что не влазит на верхние полки, для чего требуется отдельное место - должно оплачиваться. Бесплатно только на полках.

Но тут зависит еще от того, откуда ав едете до Токио.

Это места в конце вагона за креслами. При покупке билета, надо указывать , что с багажом и выдает эти места. Доплачивать за багаж отдельно там не надо. Но их быстрее других разбирают.