Возможно, кто-то летел недавно в Стокгольм из Вильнюса, подскажите, смотрят ли на сканере сдаваемый багаж, например, на наличие медикаментов.

Весь сдаваемый багаж всегда проходит контроль на интраскопе в багажном отделении аэропортов. Мало кого будут интересовать несколько упаковок лекарств в вашем багаже, если только не забить ими половину чемодана. Но учтите, что это не повод везти там в багаже лекарства запрещенные к ввозу в конкретную страну (лучше не рисковать так). Особенно не стоит пытаться спрятать их в плохо просвечиваемые предметы типа металлического термоса. Положите лекарства просто в пакет и в чемодан его сверху. Если рецептурные, рецепт при себе.

Обычно проблемы именно с тем, что плохо просвечивается, тогда владельца багажа могут вызвать на багажный контроль для совместной проверки. Я в российских аэропортах имел опыт хождения на такую проверку: из-за термоса, внутрь которого засунул новогоднюю гирлянду с батарейками , а еще из-за литой детской игрушки металлической, которая совершенно черной на просветке была (какой-то сплав хитрый)...