Есть какие-то организации в регионах РФ, которые занимаются оформлением виз в латвию и подачей документов в консульство в мск?

Нет, самому придется.

Подавать доки можно только лично. А вот получить паспорт с визой может кто-то другой за вас, это разрешается.