Подскажите, в Токио при оплате картой Freedom банка (Казахстан) не нужно же конвертировать валюту в йены?банк сам сконвертирует рубли по курсу банка на момент оплаты?

Да. Банк сам сконвертирует согласно своей политике. Насколько я помню, если в вашей (на данный момент 6 валютной) карте нет нужной валюты, то конвертация будет через доллар. (нет доллара, то из рублей в доллары, потом в Йены)