Если прилёт условно 1 числа, а вылет 15, в анкете на визу в Японию 14 или 15 дней указывается? Вроде день прилёта не считается полным днём посещения.

все дни нужно считать, от этого зависит насколько выдадут визу, нельзя ни в коем случае дни не учитывать, можно попасть. Пример: по факту у вас 17 дней (16 ночей), а вы указали, что 16, визу дадут вообще на 15, как раз потому учет идет со след дня. Вы окажетесь нелегалом по истечению 16 дня