В консульстве Екатеринбурга мне сказали, что лучше оформить визу, так как могут не выпустить из Дасина, а у нас вылет из Шоудо в Токио.

Вот опять же, про компетентность сотрудников... всё у вас хорошо, не выпустить вас не могут как раз из-за смены аэропорта. Сотрудник спутал мягкое с тёплым. Вас могли бы не выпустить "в город", если бы у вас была стыковка в одном аэропорту, и оставить сидеть в транзитной зоне. А с вашими билетами - без вариантов.

Если у вас все билеты на руках , не должны отказать .