Подскажите пожалуйста в Токио, какую-нибудь гиковскую барахолку, со всякими старыми играми, приставками, комиксами.

Накано. Там куча магазинов со старыми вещами

В Akihabara Electric Town есть магазинчики торгующие старыми играми и приставками. Видел сам. Насчет комиксов не уверен.

Ещё можно посмотреть мандарейки

В накано он тоже есть крупный, но и на акибе присутствует, если времени не много

HardOff

Чем дальше от центра, тем лучше по ценам. На Акихабаре цены заряжены на туристов. В целом никакой халявы не найти (разве что брать с полок «junk» из того, что под мелкий ремонт или непроверенное, что проверить не смогли или лень стало). Ну или самую попсу типа невключающуюся super famicom тушку за 300 йен.

В целом в России из консолей и игр всё купить и так можно, цены от японских отличаются, конечно, но на разумный процент.