Подскажите, цена за проезд на общественном транспорте в Токио в Гугл мапс указывается за весь маршрут? Верно?

Да.

Да, она соответствует именно такому маршруту с учетом таких линий и пересадок (т.е. не только от начальной и конечной точки зависит) при оплате айси картой (суйка пазмо и иже с ними). Иногда цена эта чуть ниже оплаты налом.