Если нет штампов о пересечении границ в паспорте, как доказать что не был в Казахстане более полугода? Спасибо)

Я бы сначала поговорил с ФНС, с конкретным инспектором, ведущим Ваше дело и/или с соответствующим начальником, что он/она примет в качестве доказательства кроме отметок в загране. Оттуда и плясать.

А при пересечении границ миграционные карты не заполняли?

Уведомление о прибытии есть , РВП/РПП/ВНЖ есть?

Если да, то предоставляете их . Пусть они запрашивают далее сведения самостоятельно, если этого недостаточно