Скажите, пожалуйста , на каком сайте смотрите расписание японских поездов, автобусов и покупаете билеты ?

Гугл даёт всю информацию по транспорту, а точнее гугл мэпс.

Билеты покупаются на месте. Но зависит от того, на какой вид транспорта. Если обычный городской транспорт, а не ночные автобусы, то все можно найти на гугл мэпс и купить на месте.