Можно ли влететь по одному паспорту, а вылететь по другому в куала лумпур?

Штамп ставят в первый. И по второму скорее всего не получится. Или оба нужны.

на практике конечно можно, но вам оно надо с риском никуда не улететь решать этот вопрос с погранцами

По правилам Малайзии вы можете использовать только самый актуальный паспорт.

И нам даже говорили, что если использовать не самый новый, а постарее, могу на границе быть вопросы