Подскажите, можно ли бронировать жилье в Японии через booking с фильтром без предоплаты и по факту в отеле оплатить наличными?

Можно. Но у вас должны быть привязана какая нибудь карта для гарантии и если это будет не иностранная карта, то надо написать в отель, что они ничего списать не смогут и объяснить что вы заплатите на месте. Или посмотрите трип ком