Кто нибудь знает, могут ли не дать визу в Японию из-за кредитов?

Доступ к кредитной истории есть далеко не у всех организаций. Консульству на это всё равно. Если есть большая неуплата, то это уже другая история - тут разбираются в соответствии с законодательством РФ. Наверняка это не ваш случай.