А как в считаете, если делать не электронную визу в Пакистан, а бумажную в посольстве - это решает проблему повторного въезда через наземный переход?

Да, скорее всего

Индийская электронная виза позволяет вам пересекать границы в наземных пограничных пунктах. Единственное условие - она должна уже стоять в паспорте (быть активирована в одном из аэропортов). По пакистанской визе и пакистанской границе, к сожалению, ничего не могу сказать.

Главное влететь по визе первый раз, как положено.