Летим во Францию с французским шенгеном и в день прилета переезжаем во Франкфурт на поезде, потом через 1,5 недели обратно во Францию на пару дней.

Могут аннулировать визу и возникнуть проблемы, если будет ! проверка документов. Тут уже писали, что с визой другой страны сразу пытались въехать в Германию, т.е. фактически человеку нужна была виза именно в нее, а не в условную Францию как у Вас. В итоге аннулировали визу. Читайте ниже сообщение:

Немцы повсеместно устраивают проверки сейчас на границе Германии. Не то что бы постоянно но очень часто и рандомно. В вашем случае надо иметь готовые ответы на их вопросы.