Подскажите, являюсь гражданином Эстонии, но без регистрации в Эстонии, пустят ли мою жену со мной по визе через КПП Нарва?

Зайдите через Латвию, там в такой конфигурации точно пустят. Св-во о браке не забудьте.

Для Эстонии вы гражданин её страны, без разницы имеете регистрацию или нет.

Значит вашу жену гражданку РФ с визой и вместе с вами обязаны пустить. Свидетельство о браке должно быть при вас.

И, на паспортном контроле к эстонскому пограничнику подходите вместе, вдвоём.

У жены должна быть страховка.

Не впустят.