Подскажите пожалуйста, с РФ гражданством (и документами соответственно) и Польской визой D как лучше, логичнее добраться из Москвы в Варшаву? смотрю - все через Литву, Латвию.

Маршрутов два:

1. Москва-Минск(поезд), Минск-Варшава (автобус)

2. Москва-Калининград (самолет или поезд), Калининград-Гданьск(автобус), Гданьск-Варшава(поезд)

Ну и проверьте что вас вообще пустят через таможню напрямую (КП или супруг владельца КП или ВНЖ/ПМЖ)