Подскажите, пожалуйста, есть ли возможность где-то в России купить йены за евро или выгоднее это будет сделать в аэропорту?

Даже за рубли иены покупать в России не очень выгодно, а если у вас евро, то даже не рассматривайте это вариант. Купите в аэропорту.