Подскажите пожалуйста, из аэропорта Дубай можно Яндекс такси заказать и оплатить картой РФ?

Можно. Но смысла не вижу. Во первых, это будет дороже, чем взять обычное городское такси. Во вторых, где вы там будете искать заказанное такси? С городским нет проблем - вышел, сел и поехал.

Замучаетесь его там искать.