Репатриируюсь в Израиль. Скажите пожалуйста, если у меня есть только повторки, советских документов нет, то будет отказ при консульской проверке?

Почему сразу отказ, берите повторки + расширенные справки к ним, плюс постарайтесь собрать косвенные документы (копии/выписки из домовых книг, эвакуация). Решение в итоге за консулом, но такого правила, что если нет оригиналов = отказ, не существует. Ваша задача убедить консула в том, что вы попадаете под закон о возвращении, т.е. документально подтвердить вашу родственную связь с ближайшей женщиной еврейкой (прабабушка/бабушка/мама). Но т.к. оригиналов нет, консул, скорее всего, будет интересоваться не только ЗАГСовыми документами, но и какими-то косвенными доказательствами.