А подскажите, пожалуйста, за сколько нынче нужно приезжать в Бен Гурион до вылета?

Часа за 3 минимум.

Кроме обычной регистрации на рейс есть очередь на проверку службой безопасности.

И вот тут зависит от длины очереди. Можно пройти битахон за 10 минут, можно простоять и час.

Очередь для граждан Израиля движется быстрее, для иностранцев дольше.

В общем для иностранцев - за три часа, для граждан Израиля (только с ручной кладью) можно и за 2, но тогда вы не успеете с толком и с расстановкой сделать покупки в местном дьюти фри (а он более, чем достоин внимания), а аэропортовские службы не успевают погрузить багаж.