До подачи на гражданство Молдовы по браку я должна прожить в Молдове три года ( и экзамен, но вопрос не про него). Что значит - прожить в Молдове?

Надо сделать внж и можете выезжать

Конечно можете выезжать. Получив ВНЖ в Молдове, иностранный гражданин не становится её заложником.

Если Вы хотите понять можно ли получив ВНЖ не жить в Молдове, а через три года продлить ВНЖ, подав на гражданство получить его, то здесь этого никто не знает.